Analiza wpływu proteaz wirusowych na proteom komórek eukariotycznych

Osoby zaangażowane: Piotr Suder, Joanna Ner, Anna Antolak

Badania

W naszych badaniach skupiamy się na wirusie Zika. Jego replikacja odbywa się w bardzo specyficzny sposób. Po wniknięciu wirusa do komórki, na matrycy wirusowego RNA powstaje pojedyncze, duże białko. Jest ono nieaktywne i konieczne jest pocięcie go na niewielkie kawałki, z których każdy służy później jako element maszyny replikacyjnej lub element budulcowy dla nowych wirusów. Za proces cięcia w dużym stopniu odpowiedzialny jest jeden z regionów powstającego białka nazywany NS3. Zahamowanie jego aktywności prowadzi do całkowitego zatrzymania replikacji wirusa i powstrzymania zakażenia. Białka o podobnej aktywności powstają również w czasie replikacji innych wirusów, takich jak wirus zakaźnego zakażenia wątroby typu C czy wirus HIV. Nasze badania mają na celu zrozumienie, w jaki sposób działa białko NS3 wirusa Zika i jaka jest jego rola w komórce gospodarza. Uzyskane wyniki pozwolą również na opracowanie w przyszłości nowych leków, które będą mogły być zastosowane w leczeniu ciężkich przypadków zakażeń. Badania prowadzone są we współpracy z Virogenetics Lab, MCB UJ.

  • Prace w MCB:

Hodowle komórek z wirusem (laboratorium BSL III) Przygotowanie materiału do analiz z zachowaniem zasad bezpieczeństwa

  • Prace w AGH:

Znakowanie iTRAQ i analityka MS Analiza bioinformatyczna


Sprzęt:

Laboratorium spektrometrii mas:

  1. Spektrometr masowy AmaZon SL (Bruker-Daltonics, Niemcy): instrument wyposażony w analizator typu pułapka jonów oraz źródło electrospray (ESI) oraz nanoelectrospray (nanoESI)
  2. Spektrometr masowy AmaZon ETD (Bruker-Daltonics, Niemcy): instrument pułapkowy ze źródłami jonów ESI/nanoESI, obrazowaniem typu desorption electrospray oraz fragmentacją typu ETD (obecnie w serwisie)
  3. kapilarny chromatograf cieczowy Ultimate 3000 (Thermo, Niemcy)


Laboratorium elektroforezy żelowej:

  1. Zestaw MiniProtean III do elektroforezy 1D (Bio-Rad, USA), 2 komplety
  2. Zestaw do western blottingu (Bio-Rad, USA), 1 komplet
  3. Zasilacze do elektroforezy i blottingu (Bio-Rad, USA), 2 sztuki
  4. Komora do transferu półsuchego iBind (Thermo, USA)
  5. System obrazowania żeli ChemiDoc XRs+ (światło widzialne/UV do fluorescencji)


Grant:
Grant Opus konsorcyjny UJ (lider)/AGH (K. Pyrć/P. Suder) 2016/21/B/NZ6/01307